受樱木博士所托，小智和小豪一起来到了合众地区，他们这次是为了调查在荒野名胜区发现的地下遗迹——巨神遗迹。

从码头出来，小智见到熟悉的景色，本想着先去宝可梦中心连和红豆杉博士打声招呼，过去他在合众旅行的时候可是受了这位博士不少的照顾，结果小豪一看到大厦屏幕上播放的内容就拉着小智前往荒野名胜区，一刻也不想耽搁。穿过飞云市，他们沿着4号道路朝着西边的荒野名胜区走去，越靠近荒野名胜区，绿植越发的稀少，到了最后四周都是黄土荒漠，炎热的气候和刚他们进入四号道路时所感受到的气温完全不同。

两个人对前往巨神遗迹的道路一筹莫展时，背后传来了女性的声音，那位女性像他们询问身上是否拥有飞行系的宝可梦后将滑沙的滑板借给了他们。两人从那个女性口中得知因为遗迹的公布，近日荒野名胜区这里来了不少想要探索遗迹的游客，而她也正好要前往遗迹那边。

那人教导小智和小豪利用自己会飞的宝可梦拉动滑板穿过沙漠并亲自示范给他们看，两个人很快就掌握了滑沙的方式，正式朝着巨神遗迹的方向前去。两个人好不容易来到遗迹附近。皮卡丘和炎兔儿不小心惊醒达摩模式下的达摩狒狒，还未被小智收进球里的快龙迅速抱起他们两个飞向高空躲开了达摩狒狒的攻击，小智向被惊醒的达摩狒狒道歉表示他们不是有意打扰他的，达摩狒狒点头后又变回了达摩模式。一旁旁观的小豪倒是有点不高兴，如果没有快龙救下皮卡丘和炎兔儿，小智没有向达摩狒狒道歉它也不会变回达摩模式，自己说不定就能收服一只达摩狒狒让宝可梦图鉴又点亮一个图标了。

小智夸奖了快龙两句并将其收回了精灵球中，抱着皮卡丘和小豪一块进入了遗迹内部，路上他们碰不到了不少机关，先是被巨大的滚石追赶，然后又是差点掉入陷阱当中，再然后又是突然冒出的墙体击中或是挡住前路，两个人和两只宝可梦一阵狂奔，总算来到了还算安全的地方稍作休息。不知道是谁的手按下了机关，他们身下出现一个大坑，还没来得及反应两个人就掉了下去，随后被一股念力给托起平稳的放在了地面上。

“你们没事吧？”之前见过的女孩向他们询问，“抱歉，之前见面匆忙，忘记自我介绍了。我是宝可梦探险家琪菈，这是我的好搭档玛沙那。”

“你好，谢谢你救了我们。我是小智，这是我的搭档皮卡丘，目标是宝可梦大师。”小智向琪菈介绍自己和小豪，“这是小豪，然后这是小豪的搭档炎兔儿。”

琪菈和小智他们进行短暂的交流后，决定加入到他们的队伍当中，一起朝着遗迹深处前进。在冒险过程中，他们遇到了三只死神棺，根据它们的动作，琪菈发现有人被困在死神棺里面。小智指挥皮卡丘攻击它们，救出里面的人后死神棺们也回到了遗迹深处，被救出来的那人热情的分别握了握三人的手，激动的向他们表示感谢，他的宝可梦蓝色的可达鸭也一把抱住没来得及躲开的皮卡丘，向他们表示谢意。

“你们好，我叫卡拉巴利，目前正在和我的异色可达鸭一起进行旅行，为了收服世界上所有的闪光宝可梦！”卡拉巴利拿出了自己的洛托姆手机，向他们展示自己已经点亮的闪光宝可梦图鉴。

听到有人和自己有着相同志向，原本对卡拉巴利爱答不理的小豪瞬间蹿到了他面前，和他一起分享收服宝可梦的心得，并且互相交换了联络方式。

琪菈没有参与小豪和卡拉巴利的对话，她见小智在听到卡拉巴利的介绍后面色稍微变了一下然后很快又恢复了正常，好像刚才见到的是错觉一样。小智看了一眼正在聊天的两个人，拿出自己的洛托姆手机带着皮卡丘朝着遗迹深处走去，脸上少了平日里那种阳光灿烂的笑容，反而显得有些凝重。琪菈招呼了一声正在聊天的两人，快步跟上了小智：“小智，你怎么了？”

“就……就是突然有点不舒服，走了走好多了，已经没事了。”刚和人结束联络的小智下意识就要说出心中的想法，好在话到了嘴边他突然反应过来，糊弄了过去。

“那么如果还不舒服一定要说出来，我身上有应急用的药物。”琪菈点点头，没有发现任何不对劲的地方。

小智点头：“好的，琪菈小姐。”

小智和琪菈走在最前面，小豪和卡拉巴利则不紧不慢地跟在后面有说有笑的聊着天，很快他们就来到了一间密室之中。密室里什么陈设都没有，只有地面有着一个奇怪的法阵，法阵的整体看起来像是祭坛。四人和宝可梦在密室内四处走动，寻找着密室中的机关，蓝色可达鸭绕着法阵转了一圈，结果一不小心摔倒在地上，启动了某块印有花纹的地砖，琪菈盯着那块地砖看了好一会，又绕着法阵走上一圈，发现有着数块相同花纹的地砖。出来被蓝色可达鸭启动的地砖外，其他四块砖块被小智四人先后启动，法阵上的图案逐渐变成了一个完整的，和他们按下去的那些砖块上的花纹完全一样的图案。金光从法阵中心冒出，随即扩散开来，四人抬手遮挡光线，传说中遗迹里的‘巨神’泥偶巨人从砖块制成精灵球的爆炸中出现，这只泥偶巨人的身高是普通泥偶巨人的两倍之多。

泥偶巨人从沉睡中苏醒，开始破坏四周，攻击来访者，遗迹考古团团长前来告知他们碑文已经被破解的事情，结果遭受到了泥偶巨人的攻击。

“那么来对战吧！皮卡丘使用铁尾，耿鬼使用暗影球，快龙使用龙爪！”小智反手抛出三粒精灵球，“月桂叶，飞叶快刀！”

从精灵球中出来的月桂叶，对着泥偶巨人使用了飞叶快刀后转身就扑向了小智，小智无奈地拍拍她凑过来的脑袋，示意先解决眼前的事情。卡拉巴利趁乱想要离去，结果被琪菈一句话给留了下来，指挥着蓝色可达鸭加入战斗，考古团团长派出了烛光灵和灯火幽灵加入战斗，琪菈则是派出了玛莎那，小豪的炎兔儿试图使用二段踢攻击泥偶巨人，结果被他用手指弹飞失去了战斗能力。面对团队战，泥偶巨人的表面越发的让人感叹，完全没有因为对手众多而落了下风，反而有着碾压的迹象。

团长指挥着自己的两只宝可梦进行攻击：“烛光灵，火焰旋涡，灯火幽灵，烈焰溅射。”

“对了！月桂叶使用藤鞭，耿鬼使用精神强念控制住泥偶巨人，琪菈小姐，团长先生，卡拉巴利，小豪拜托你们全力攻击！皮卡丘，快龙麻烦你们吸引一下泥偶巨人的注意力。”看到泥偶巨人先后挣脱烛光灵的火焰旋涡和玛莎那的精神强念，小智的脑海中猛地蹦出了一个念头。